رجیستری ویندوز دارای یک کلید ریشه با عنوان HKEY_LOCAL_MACHINE یا HKLM هست. کلید ریشه HKLM حاوی تنظیمات مربوط به کامپیوتر محلی هست. در مایکروسافت ویندوز xp و پیش از اون، چهار کلید اصلی تحت HKLM وجود داره: SAM ، SECURITY، SOFTWARE، SYSTEM.
همچنین یک زیرمجموعه پنجم به نام HARDWARE وجود داره که روی اون ایجاد میشه و در یک فایل رجیستری ذخیره نمیشه. در ویندوز ویستا و ۷، یک زیر کلید ششم، با نام BCD وجود داره.
زیر کلید SOFTWARE رایج‌ترین کلید رجیستری هست که شامل تنظیماتی برای ویندوز و برنامه‌های نرم‌افزاری نصب شده روی کامپیوتر هست. هنگامی که یک برنامه نرم‌افزاری نصب میشه، داده‌ها به زیر کلید SOFTWARE داده میشه تا به ذخیره تنظیمات خاص برنامه بپردازه. هر بار که سیستم‌عامل شروع به کار میشه، این تنظیمات به حافظه کامپیوتر بارگیری میشه، بنابراین هنگامی که یک برنامه توسط کاربر بارگیری میشه، نیازی به دوباره پیکربندی برنامه نیست.